据说可以追溯到雍正年间，当时文狱正盛行。著名反清学者黄宗宪逃亡途中经过湖南的一个小村庄，寄宿在一个贫苦农民家里。恰巧农夫的儿子从田间池塘里钓到一条河鱼，解决了女主人巧妇难为无米之炊的烦恼，便用河鱼做饭。鱼洗净后，用盐将鱼肉煮熟，然后用自家种的辣椒切碎，与鱼头一起蒸。黄宗宪吃了，觉得非常好吃。回家后，他请家里的厨师改进了菜式，就有了今天的“剁椒鱼头”。正宗湘菜选择的鱼头是草鱼、鲢鱼、鲢鱼，主要是因为这些鱼头大肉嫩。有时不只是一个鱼头，更多的是半个鱼身，盛在一个巨大的盘子里，让人感觉主厨对这道菜一定不满意。当一道菜到了某个地方，往往需要融入一些当地的特色。剁椒鱼头抵达武汉时，据说是用武昌鱼做的。按照武汉人的性格，可能得用整条鱼来代替，就被称为“武昌剁椒鱼”。再比如江南那些不擅长吃辣的地方。做花椒鱼头的时候，厨师们总是会心慈手软，少用花椒。不过口味清淡的当地人吃起来也会发出咕噜咕噜的声音。